馬蹄蟹的身體主要由三部份組成：前面的頭胸部、中間的腹部和尾部（尾節）。
頭胸部是馬蹄蟹身體面積最大的部份，牠的圓頂形狀類似於馬蹄鐵的形狀，因此便得名“馬蹄蟹”。從馬蹄蟹上面看，可以看到在頭胸部上的兩隻複眼。複眼的作用是幫助馬蹄蟹在產卵季節尋找伴侶。
在每隻複眼正後方是一隻原始側眼，它對光線非常敏感，能幫助馬蹄蟹在漆黑中尋找其他同伴。在頭胸部前端還有兩隻正中眼和一隻腹膜內眼，用於偵測日光和月光，而跟隨月球週期到泥灘上產卵。
馬蹄蟹有六對附肢，排列在其底部。位於口器（口部）前的第一對附肢稱為螯肢，用於進食。其他五對較大的附肢主要是用於在泥灘上行走。成熟時，雄性馬蹄蟹的一對前腿在其尾蛻後會變成鉤形，用於在交配時抓住雌性。馬蹄蟹的嘴附近還有兩隻眼睛，有助於在游泳時調整方向。
馬蹄蟹腹部有六對稱為「書鰓」的呼吸器官，它由體壁褶皺重疊面成，像書的書頁，因此叫「書肺」。它們對於氣體交換和吸收氧氣非常重要。另外，馬蹄蟹腹甲左右兩側均各長有一排硬剌。
馬蹄蟹的尾部又稱為劍尾，它的作用是在馬蹄蟹翻倒時幫助轉身朝上。劍尾亦有助馬蹄蟹在泥灘上轉向和挖泥。劍尾上亦有感光細胞，以幫助大腦同步光暗循環。雖然劍尾看起來令人生畏，但它並不如蠍子的蜇針般含有毒液。相反，馬蹄蟹的劍尾相當脆弱，所以我們絕不應該從尾部撿起馬蹄蟹。
→分辨馬蹄蟹係咩品種