馬蹄蟹在進化和生物學研究中具有極高的價值。由於馬蹄蟹的複眼非常靈敏，它們引起了極大的研究興趣，並幫助開發了更清晰的電視圖像和改進雷達系統。
此外，馬蹄蟹的藍血有著重要的醫學應用。牠們血中的血細胞在提取後可製成「鱟試劑」，快速而準確地檢測由細菌產生的內毒素。
馬蹄蟹曾經在香港盛行。根據漁民的軼事記錄，在交配季節，海灘上曾經有成千上萬的馬蹄蟹。然而，在2000年至2009年間，香港的馬蹄蟹數量大幅減少超過九成。 2012 年的一個研究顯示，本地的年幼馬蹄蟹數量已減少至約不足一萬隻（僅餘約 2,000至4,500 隻年幼中國鱟和 2,000至3,000 隻年幼圓尾鱟）。再加上他們的緩慢成熟期（約10年），牠們正面臨著巨大的局部地區滅絕威脅。