交配
馬蹄蟹十歲後即可繁殖。在繁殖季節，雄性和雌性馬蹄蟹會在漲潮時從較深的水域遷移到較淺的泥濘水域。雄蟹會利用雌蟹釋放的一種信息素作為化學“氣味”，以尋找雌蟹。 在交配期間，雄蟹會選擇一隻雌蟹作為對象，雄蟹一直跟隨雌蟹，然後使用其鉤狀附肢抓住雌蟹的背面。 然後，雌蟹會在沙中築巢並產卵，而雄蟹會通過釋放精子使卵子體外受精。 雌蟹通常會在一窩產下幾千枚卵，並產下好幾個窩。 這是因為馬蹄蟹的卵子是許多其他生物如水鳥，螃蟹，魚和蝦的食物。 馬蹄蟹產卵後，雄性和雌性便回到深水中，岸上的卵則會自行發育。
生命週期
由卵子到嬰兒期
受精卵在巢內兩到四星期後就會孵化成幼體。幼體的外形是成年鱟的微型版本，與成鱟有著相同的身體結構。幼體會在水中四處游動覓食幾天，然後定居在潮間淺水區域。儘管母鱟一次產下數萬個卵，但一萬枚卵中只有枚（約0.001%）能夠存活至成年。
幼齡至成年
幼體在出生大約三週後第一次脫殼，成為幼齡鱟。在蛻殼過程中，幼體鱟會脫落其殼的外層（幾丁質外骨骼）生長。
幼齡鱟一般在牠們出生地附近的泥灘上度過頭幾年。牠們在漲潮時躲在泥裏，在退潮時出現覓食。他們繼續定期蛻殼，直到成年並達到性成熟。然後他們將移居海中並生活在海底。
馬蹄蟹必須蛻殼才能生長。這是因為馬蹄蟹的殼不會隨牠們的身體一起生長，因此牠們成長時要先把殼蛻掉。